邻位依赖核苷酸替换过程的识别与度量
基因组学
2007-05-23 v1
摘要
邻位依赖的存在在所有生物中产生了特异的二核苷酸频率模式。尤其是，CpG-甲基化-脱氨过程在脊椎动物中是主要的替换过程，需被纳入更真实的核苷酸替换模型。基于核苷酸替换的一般框架，我们开发了能识别最相关的邻位依赖替换过程、度量其强度并判断其纳入建模重要性的方法。从邻位独立核苷酸替换模型出发，我们依据提升给定数据模型似然的能力顺序依次添加邻位依赖替换过程。给出了人类、斑马鱼与果蝇中邻位依赖核苷酸替换的分析。执行所述分析的网页服务器可公开获取。
引用
@article{arxiv.q-bio/0501018,
title = {Identification and Measurement of Neighbor Dependent Nucleotide Substitution Processes},
author = {Peter F. Arndt and Terence Hwa},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0501018},
year = {2007}
}
备注
15 pages, 3 figures