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Graphettes:图元与轨道身份的常数时间判定,包含规模至 8 的(可能非连通)图元

数据结构与算法 2017-08-16 v1 分子网络 定量方法

摘要

图元是较大图 GG 的小连通导出子图。目前图元常被用于量化网络领域中的局部与全局拓扑。现有方法利用轨道计数方程,尽可能高效地穷举大型网络中的所有图元(及其轨道)。然而,GG 中图元的数量在 GG 的节点数和边数上均呈指数增长。在现有大型网络上枚举所有图元的代价已不可接受,且随着网络规模和密度的持续增长,该问题将愈发严重。在此,我们引入一种高效方法,旨在辅助从大型网络中对规模至 k=8k=8 的图元进行统计采样。我们将 graphettes 定义为允许非连通图元的图元推广。给定一个特定的(无向)graphette gg,我们引入规范 graphette K(g)\mathcal K(g) 的概念,作为 gg 的同构群 Iso(g)Iso(g) 的一个代表元。我们以查找表的形式计算了从所有规模为 k8k\le 82k(k1)/22^{k(k-1)/2} 个无向 graphettes gg 到其规范代表元 K(g)\mathcal K(g) 的映射 K\mathcal K,以及将 gg 转换为 K(g)\mathcal K(g) 的置换。我们还计算了每个规范 graphette 的所有自同构轨道。因此,给定图 GG 中任意 k8k\le 8 个节点,我们可以在常数时间内推断出其所属的 graphette,以及这 kk 个节点各自所属的轨道。对大量 NN 个此类 kk 节点集进行采样,可以近似得到 GG 中图元与轨道的分布,以及每个节点的轨道度向量。

关键词

引用

@article{arxiv.1708.04341,
  title  = {Graphettes: Constant-time determination of graphlet and orbit identity including (possibly disconnected) graphlets up to size 8},
  author = {Adib Hassan and Po-Chien Chung and Wayne B. Hayes},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1708.04341},
  year   = {2017}
}

备注

13 pages, 4 figures, 2 tables. Accepted to PLOS ONE