基于单粒子冷冻电镜数据的几何形状匹配用于恢复蛋白构象
生物大分子
2024-10-02 v1 数值分析
微分几何
数值分析
最优化与控制
摘要
我们解决从单颗粒冷冻电子显微镜（Cryo-SPA）数据中恢复单条肽蛋白三维主链结构的问题。Cryo-SPA 产生电解质势能的噪声 tomographic 投影。从这些投影，我们使用形状分析方法来恢复三维主链结构。因此，我们将重建问题视为一个间接匹配问题，其中蛋白主链的点云表示被变形以匹配 2D 断层数据。通过施加矩阵李群的作用来获得变形。通过选择变形能量，可获得最优性条件，从而导致用于最优变形的计算算法。我们在合成数据上展示了我们的方法，成功恢复了主链的三维结构。
引用
@article{arxiv.2410.00833,
title = {Geometric shape matching for recovering protein conformations from single-particle Cryo-EM data},
author = {Erik Jansson and Jonathan Krook and Klas Modin and Ozan Öktem},
journal= {arXiv preprint arXiv:2410.00833},
year = {2024}
}
备注
41 pages, 10 figres