基因组尺度系统发育分析发现真菌间广泛的基因转移
种群与进化
2015-07-16 v2 基因组学
定量方法
摘要
尽管在细菌进化中横向基因转移的作用已被充分认知，但通常认为其在真核生物中影响较小。为探索该假设，我们比较两类生物——蓝细菌与真菌——的基因组进化动态。使用两类方法推断两个分支的祖先基因组。其一是 Count，一种不考虑基因树的方法，通过建模基因重复、获得与丢失来解释基因组中观察到的基因数量。其二是 ALE，一种较新的考虑基因树的方法，利用基因重复、丢失和转移模型调和基因树与物种树。我们比较它们的优点及其量化转移作用的能力，并评估分类取样对其推断的影响。我们提出了令人信服的证据，表明基因转移在真菌进化中起着重要作用。
引用
@article{arxiv.1505.06067,
title = {Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among Fungi},
author = {Gergely J. Szöllősi and Adrián Arellano Davín and Eric Tannier and Vincent Daubin and Bastien Boussau},
journal= {arXiv preprint arXiv:1505.06067},
year = {2015}
}