GeneNetMiner：从文献中精确挖掘基因调控网络
分子网络
2014-09-09 v1 基因组学
摘要
GeneNetMiner是一款独立软件，它解析iHOP的句子并捕获调控关系。这些调控关系要么是基因-基因调控，要么是基因-生物过程关系。捕获基因-生物过程关系是这类工具的一个独特功能。这些关系可用于构建特定生物过程、疾病或表型的基因调控网络。用户可以搜索基因和生物过程，以发现它们之间的调控关系。每个调控关系都被赋予一个置信度分数，表示真实关系的概率。此外，它还报告包含查询术语的句子，允许用户根据需要手动检查该关系是否真实。GeneNetMiner能够从文献中精确捕获基因之间的调控关系。
引用
@article{arxiv.1409.1975,
title = {GeneNetMiner: accurately mining gene regulatory networks from literature},
author = {Chabane Tibiche and Edwin Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1409.1975},
year = {2014}
}
备注
Related papers can be found at http://www.cancer-systemsbiology.org