GeneFEAST：功能富集分析解读中以基因为中心的关键步骤
定量方法
2025-03-07 v3
摘要
摘要：GeneFEAST 以 Python 实现，是一个以基因为中心的功能富集分析（FEA）汇总与可视化工具，可应用于上游 FEA 流程产生的大型功能富集分析结果。它生成系统化的、可导航的 HTML 报告，便于识别可能驱动多个富集的基因组，并探索最初用于确定输入基因的基因层面定量数据。此外，GeneFEAST 可比较多项研究的 FEA 结果，例如可突出两组条件下共同差异表达基因中的基因表达模式，并揭示在这些条件下产生的共享富集。GeneFEAST 提供了一种新颖且有效的方式，以应对将众多重叠的 FEA 结果与其底层基因和数据相关联的复杂性，推进以基因为中心的假设，并为下游验证实验提供关键信息。可用性：GeneFEAST 可在 https://github.com/avigailtaylor/GeneFEAST 获取。联系方式：[email protected]
引用
@article{arxiv.2309.00061,
title = {GeneFEAST: the pivotal, gene-centric step in functional enrichment analysis interpretation},
author = {Avigail Taylor and Valentine M Macaulay and Anand K Maurya and Matthieu J Miossec and Francesca M Buffa},
journal= {arXiv preprint arXiv:2309.00061},
year = {2025}
}
备注
This article has been accepted for publication in Bioinformatics Published by Oxford University Press. This version has been peer-reviewed, is the Version of Record, and replaces the previous version deposited here. Main text: 5 pages, 2 figures. Supplementary information is available at Bioinformatics online