Genarris 2.0:一种用于分子晶体的随机结构生成器
材料科学
2020-03-18 v1 计算物理
摘要
Genarris是一个开源Python软件包,用于在物理约束下生成随机分子晶体结构,以播种晶体结构预测算法并训练机器学习模型。在此我们呈现该代码的新版本,包含若干重大改进。实现了基于MPI的并行化方案,可无缝顺序执行用户定义的工作流。基于在实验结构上训练的机器学习模型,开发了依据单分子结构估算晶胞体积的新方法。实现了一种新算法,用于生成分子占据特殊Wyckoff位置晶体结构。开发了分层结构检查流程,以高效准确地检测非物理紧密接触。针对强氢键实现了新的分子间距离设置。为展示这些新特性,我们研究了苯与甘氨酸两个具体案例。对于所有多晶型,最终结构池要么包含实验结构,要么包含晶格参数、对称性与堆积 motif 相似的结构。
引用
@article{arxiv.1909.10629,
title = {Genarris 2.0: A Random Structure Generator for Molecular Crystals},
author = {Rithwik Tom and Timothy Rose and Imanuel Bier and Harriet O'Brien and Alvaro Vazquez-Mayagoitia and Noa Marom},
journal= {arXiv preprint arXiv:1909.10629},
year = {2020}
}