gcodeml：一种用于检测生物进化中正选择的网格化工具
分布式、并行与集群计算
2012-03-15 v1 计算工程、金融与科学
种群与进化
摘要
生物进化中的一个重要问题是了解蛋白质编码基因的某些变化是否促进了物种的适应。该问题已知在生物学上非常复杂且计算代价极其高昂。因此，它需要高效的网格或集群解决方案来克服计算挑战。我们开发了一种网格化工具（gcodeml），它依赖于PAML（codeml）软件包，以帮助在网格和计算集群上分析大型系统发育数据集。尽管我们报告的是gcodeml的结果，但我们的方法适用于并可定制于生物学或其他科学领域的相关问题。
引用
@article{arxiv.1203.3092,
title = {gcodeml: A Grid-enabled Tool for Detecting Positive Selection in Biological Evolution},
author = {Sébastien Moretti and Riccardo Murri and Sergio Maffioletti and Arnold Kuzniar and Briséïs Castella and Nicolas Salamin and Marc Robinson-Rechavi and Heinz Stockinger},
journal= {arXiv preprint arXiv:1203.3092},
year = {2012}
}
备注
10 pages, 4 figures. To appear in the HealthGrid 2012 conf