funBIalign：一种基于均方残差评分的函数型基序发现分层算法
统计方法学
2023-06-08 v1
摘要
基序发现在函数型数据分析领域正受到越来越多的关注。函数型基序是在单条曲线的不同部分和/或多条曲线的未对齐部分中多次重复出现的典型“形状”或“模式”。本文中，我们使用加性模型定义函数型基序，并提出funBIalign用于其发现与评估。受聚类与双聚类技术启发，funBIalign是一种多步流程，它使用具有完全连接的自底向上层次聚类以及基于均方残差评分的函数型距离，来在单条曲线（如时间序列）和一组曲线中发现函数型基序。我们通过大量模拟评估其性能并与其它近期方法比较。此外，我们将funBIalign用于两个真实数据案例研究中的基序发现：一个关于食品价格通胀，一个关于温度变化。
引用
@article{arxiv.2306.04254,
title = {funBIalign: a hierachical algorithm for functional motif discovery based on mean squared residue scores},
author = {Jacopo Di Iorio and Marzia A. Cremona and Francesca Chiaromonte},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.04254},
year = {2023}
}