FPScreen：基于分子指纹比对的大规模分子库快速相似性搜索工具
其他计算机科学
2019-06-17 v1 信息检索
摘要
我们设计了一个面向大型分子库的快速相似性搜索引擎：FPScreen。我们从 PubChem 下载了 1 亿个分子的 SDF 扩展名结构文件，随后应用计算化学工具 RDKit 将每个结构文件转换为一行 MACCS 格式的文本，并存储于一个文本文件中作为我们的分子库。该相似性搜索引擎在逐行遍历库文件中 166 位字符串的同时比较相似性。FPScreen 能够在一小时内完成对我们分子库中 1 亿条记录的相似性搜索。作为生物计算工具，其速度非常快。此外，我们将分子库划分为若干步长（stride）以进行并行处理。FPScreen 以 WEB 模式开发。
引用
@article{arxiv.1906.06170,
title = {FPScreen: A Rapid Similarity Search Tool for Massive Molecular Library Based on Molecular Fingerprint Comparison},
author = {Lijun Wang and Jianbing Gong and Yingxia Zhang and Tianmou Liu and Junhui Gao},
journal= {arXiv preprint arXiv:1906.06170},
year = {2019}
}
备注
7 pages, 3 figures