FIT：一种基于标签的融合蛋白鉴定方法
定量方法
2014-08-22 v1 基因组学
摘要
人们对基因融合和嵌合 RNA 转录本的鉴定与分析兴趣日益浓厚。虽然最近的努力主要集中在基因组和转录组数据的分析上，但在基于质谱的蛋白质组数据集中鉴定对应于此类事件的新肽段，将提供互补的蛋白质水平证据。从质谱数据中鉴定融合蛋白的过程 inherently 困难，因为此类事件十分罕见。此外，由于收集的光谱数量巨大以及需要考虑的候选肽段序列数量激增，使得对所有可能的融合伴侣蛋白进行穷举搜索变得不切实际。在本文中，我们提出了一种基于序列标签的融合蛋白鉴定算法 FIT，该算法结合了从头 (de novo) 序列标签检索和肽段 - 光谱匹配的优点，用于鉴定融合蛋白。在模拟数据集上的结果显示，FIT 算法在融合蛋白鉴定方面具有高灵敏度和低假阳性率。
引用
@article{arxiv.1408.4950,
title = {FIT: Tag based method for fusion proteins identification},
author = {Kang Ning and Alexey I. Nesvizhskii},
journal= {arXiv preprint arXiv:1408.4950},
year = {2014}
}