在有限字母表上寻找最优有限生物序列：OptiFin 工具箱
人工智能
2017-06-27 v1 定量方法
摘要
在本文中，我们提出了一个针对生物信息学或基因组学中频繁出现的一类特定优化问题的工具箱。在此特定优化问题中，状态空间是有限字母表上指定长度的词的集合。每个词关联一个分数，总体目标是找到具有最低可能分数的词。此类一般优化问题可见于例如蛋白质结构预测中的 3D 构象优化，或基于一组物种的最受支持系统发育树的最大核心基因子集发现。为了解决这一问题，我们提出了一个可通过 MPI 轻松启动并嵌入 3 种著名元启发式算法的工具箱。该工具箱参数化完备且文档齐全，专门设计为易于修改，并可根据应用由用户进行改进，且不需要用户具备计算机科学家的专业背景。我们展示了该工具箱在两个困难的实际问题中表现优异。
引用
@article{arxiv.1706.08089,
title = {Finding optimal finite biological sequences over finite alphabets: the OptiFin toolbox},
author = {Régis Garnier and Christophe Guyeux and Stéphane Chrétien},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.08089},
year = {2017}
}