通过稀疏剪接比对加速外显子组装
数据结构与算法
2007-07-24 v1 计算复杂性
计算工程、金融与科学
定量方法
摘要
从候选外显子组装基因是计算生物学中的一个重要问题。解决这一问题最成功的方法之一是 Gelfand 等人提出的\emph{剪接比对}，该方法通过将长度为 的 DNA 序列内的不同候选外显子链与长度为 的已知相关基因序列进行比较来进行评分，其中 。Gelfand 等人给出了一种运行时间为 O(n^3) 的剪接比对算法。Kent 等人考虑了稀疏剪接比对，其中候选外显子的数量为 O(n)，并提出了一种运行时间为 O(n^{2.5}) 的算法。我们提出了一种运行时间为 O(n^{2.25}) 的稀疏剪接比对算法，从而改进了这一结果。我们的方法基于一种新的\emph{准局部字符串比较}框架。
引用
@article{arxiv.0707.3409,
title = {Faster exon assembly by sparse spliced alignment},
author = {Alexander Tiskin},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.3409},
year = {2007}
}