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FakET:利用神经风格迁移模拟冷冻电子断层成像图

机器学习 2025-02-20 v4 图像与视频处理 定量方法

摘要

在冷冻电子显微镜中,准确的颗粒定位与分类至关重要。近期的深度学习方案虽取得成功,却需要大量训练数据集。常用于生成这些数据集的基于物理的模型生成时间长,限制了其广泛适用性。我们引入 FakET,一种基于神经风格迁移的方法,能够模拟任意冷冻透射电子显微镜的前向算子。它可用于根据参考数据集调整合成训练数据集,生成高质量的模拟显微图或倾转序列。为评估所生成数据的质量,我们用其训练了一个前沿的定位与分类架构,并将其性能与使用基准数据训练的对应架构进行比较。值得注意的是,我们的技术达到了同等性能,将数据生成速度提升 750 倍,内存占用减少 33 倍,并且能良好扩展到典型透射电子显微镜探测器尺寸。它利用了 GPU 加速与并行处理。源代码可在 https://github.com/paloha/faket 获取。

关键词

引用

@article{arxiv.2304.02011,
  title  = {FakET: Simulating Cryo-Electron Tomograms with Neural Style Transfer},
  author = {Pavol Harar and Lukas Herrmann and Philipp Grohs and David Haselbach},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2304.02011},
  year   = {2025}
}

备注

25 pages, 3 tables, 19 figures including supplement. Updated LaTeX project structure, updated figure captions, added in-text references to figures, fixed page numbering, fixed typos and typesetting