使用新开发的 4DN FISH Omics 格式共享 Chromatin Tracing 数据集的 FAIR 实践
其他定量生物学
2025-12-18 v3 数字图书馆
摘要
近年来，多染色体 FISH(FISH-omics)方法快速扩展，使能够对单个细胞中的染色质结构进行定量，常常伴随 RNA 和蛋白质的测量。这些方法深化了我们对 3D 染色体结构如何与转录活性和细胞状态在健康和疾病中的关系的理解。尽管如此，染色体追踪 FISH-omics 实验结果仍难以共享、重用和分析，因为缺乏标准化的数据交换规范。基于显微镜元数据标准的发布，我们引入 FISH Omics Format-Chromatin Tracing(FOF-CT)，这是一种社区开发的标准，用于来自不同成像模态的处理结果。我们描述了 FOF-CT 文件格式，并呈现了一个来自 4DN 数据门户和 OME Image Data Resource(IDR)的精选数据集集合。我们还概述了其潜在的重用、集成和建模，通过阐述示例分析管道并说明标准化、FAIR 合规染色体追踪数据集所启发的生物学洞见。虽然本稿件聚焦于球棒状染色体追踪，但该格式设计为可扩展至体积型染色体追踪。
引用
@article{arxiv.2508.13255,
title = {FAIR sharing of Chromatin Tracing datasets using the newly developed 4DN FISH Omics Format},
author = {Rahi Navelkar and Andrea Cosolo and Bogdan Bintu and Yubao Cheng and Vincent Gardeux and Silvia Gutnik and Taihei Fujimori and Antonina Hafner and Atishay Jay and Bojing Blair Jia and Adam Paul Jussila and Gerard Llimos and Antonios Lioutas and Nuno MC Martins and William J Moore and Yodai Takei and Frances Wong and Kaifu Yang and Huaiying Zhang and Quan Zhu and Magda Bienko and Lacramioara Bintu and Long Cai and Bart Deplancke and Marcelo Nollmann and Susan E Mango and Bing Ren and Peter J Park and Ahilya N Sawh and Andrew Schroeder and Jason R Swedlow and Golnaz Vahedi and Chao-Ting Wu and Sarah Aufmkolk and Alistair N Boettiger and Irene Farabella and Caterina Strambio-De-Castillia and Siyuan Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:2508.13255},
year = {2025}
}
备注
A detailed description of the FISH Omics Format for Chromatin Tracing (FOF-CT) can be found on ReadTheDocs at this link: https://fish-omics-format.readthedocs.io/en/latest/ This publication includes 3 Figures and 3 Supplemental Tables