探索外电场作用下溶液中丙氨酸二肽的构象动力学：非平衡分子动力学模拟

在本文中，我们通过非平衡分子动力学模拟研究了外电场作用下丙氨酸二肽的构象动力学。我们考虑了恒定场和振荡场的情况。在此背景下，我们提出了一种实施温度控制的程序，以消除电场无关的热效应。对于恒定场，我们在构象、偶极矩和取向动力学中识别出不同的时间尺度。此外，我们证明了当开启外场时，溶剂结构仅发生边际变化。在振荡场的情况下，构象变化被证明与前一情况一样强烈，并且通过计算积分净概率通量，揭示了构象空间中非平凡的非平衡圆形路径。