用于分析蛋白质NMR弛豫数据的显式运动模型
化学物理
2022-10-12 v2
摘要
核磁共振（NMR）是表征分子运动的首选工具。在生物大分子中，特别是皮秒至纳秒运动可通过核自旋弛豫速率探测，其依赖于自旋相互作用框架取向的时间涨落。过去40年来，弛豫速率已使用模型自由（MF）方法成功分析，该方法不对运动性质作假设，并报告运动的有效振幅和时间尺度。然而，除非辅以分子动力学（MD）模拟，从此类分析获得运动的机制图像即便可能也极为困难。尽管精度有限，此类模拟可用于获取必要信息以构建旨在分析NMR弛豫数据的显式运动模型。在此，我们展示如何构建此类模型，特别适用于描述含甲基蛋白质侧链的运动，并与MF方法比较。我们在合成数据上表明，在主导蛋白质侧链甲基基团弛豫的构象跳转存在时，显式运动模型更为鲁棒。我们期望此工作推动显式运动模型在分析MD和NMR数据中的使用。
引用
@article{arxiv.2204.04278,
title = {Explicit models of motions to analyze NMR relaxation data in proteins},
author = {Nicolas Bolik-Coulon and Fabien Ferrage},
journal= {arXiv preprint arXiv:2204.04278},
year = {2022}
}