用于分子连接体设计的等变三维条件扩散模型
机器学习
2022-10-12 v1 生物大分子
摘要
基于片段的药物发现一直是早期药物开发的有效范式。该领域的一个开放性挑战是在感兴趣的不连续分子片段之间设计连接体，以获得化学相关的候选药物分子。在本工作中，我们提出了 DiffLinker，一种用于分子连接体设计的 E(3) 等变三维条件扩散模型。给定一组不连续的片段，我们的模型在片段之间放置缺失的原子，并设计出一个包含所有初始片段的分子。与以往只能连接成对分子片段的方法不同，我们的方法可以连接任意数量的片段。此外，该模型会自动确定连接体中的原子数量及其与输入片段的连接点。我们证明了 DiffLinker 在标准数据集上优于其他方法，能生成更多样且易于合成的分子。此外，我们还在实际应用中对该方法进行了实验测试，结果表明它能够成功生成以目标蛋白质口袋为条件的有效连接体。
引用
@article{arxiv.2210.05274,
title = {Equivariant 3D-Conditional Diffusion Models for Molecular Linker Design},
author = {Ilia Igashov and Hannes Stärk and Clément Vignac and Victor Garcia Satorras and Pascal Frossard and Max Welling and Michael Bronstein and Bruno Correia},
journal= {arXiv preprint arXiv:2210.05274},
year = {2022}
}
备注
Under review