基于嵌入的 Wnt 信号通路反应网络比较
分子网络
2024-04-11 v1 动力系统
摘要
本工作引入了一种新方法，通过两个反应网络在共享物种集合方面的嵌入网络，来比较相同或密切相关系统的两个反应网络。因此，我们将此方法称为共有物种嵌入网络 (CSEN) 分析。使用这种方法，我们对已识别的与 Wnt 信号通路模型（Lee、Schmitz、MacLean 和 Feinberg）相关的现有反应网络进行了比较。该分析为这些 Wnt 模型得出了三个重要结果。首先，Lee（单稳态）和 Feinberg（多稳态）的 CSEN 分析显示出高度的相似性，证明了研究 Feinberg 模型的合理性，该模型是为研究一种称为“一致性”的重要网络特性而构建的 Lee 模型的修改版。它也挑战了将模型绝对区分为单稳态与多稳态的做法，这是 Maclean 等人 (PNAS USA 2015) 的一个主要结果。其次，CSEN 分析提供了支持 Schmitz 和 MacLean 模型之间高度相似性的证据，正如我们已识别的“近似等价”所表明的那样。第三，该分析强调了 Feinberg 和 MacLean 模型之间缺乏可比较的关系，突出了两者之间的显著差异。因此，我们的方法可以成为比较相同或密切相关系统的数学模型的有用工具。
引用
@article{arxiv.2404.06515,
title = {Embedding-based comparison of reaction networks of Wnt signaling},
author = {Bryan S. Hernandez and Patrick Vincent N. Lubenia and Eduardo R. Mendoza},
journal= {arXiv preprint arXiv:2404.06515},
year = {2024}
}