共表达基因方向性的阐明：预测操纵子内终止位点
分子网络
2007-09-12 v1 基因组学
摘要
我们提出了一种从基因共表达网络推断调控和序列水平信息的新框架。我们方法的核心思想是将网络推断与网络拓扑分析系统整合以揭示生物学见解。我们利用 Affymetrix GeneChip 时间序列数据确定了枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的基因共表达网络，并展示了推断的网络拓扑如何与该生物体基因组中硬编码的序列水平信息相关联。我们提出了一种利用聚类系数确定两个基因被评估为共表达的相关阈值的系统方法，并通过提出斜率比度量作为在边上加入方向性的手段，扩展了基因共表达网络的范围。我们通过枯草芽孢杆菌的具体例子表明，除时间表达模式外还纳入表达水平信息，可以揭示序列水平的生物学见解。特别地，我们能够识别出若干情形，其中(i)共表达基因是单一转录单元或操纵子的一部分，且(ii)推断的方向性源于操纵子内转录终止位点的存在。
引用
@article{arxiv.q-bio/0511029,
title = {Elucidation of Directionality for Co-Expressed Genes: Predicting Intra-Operon Termination Sites},
author = {Anshuman Gupta and Costas D. Maranas and Reka Albert},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0511029},
year = {2007}
}
备注
7 pages, 8 figures, accepted in Bioinformatics