用于植入模体搜索的高效串行与并行算法
数据结构与算法
2013-07-03 v1 计算工程、金融与科学
摘要
模体搜索是检测一组 DNA 或蛋白质序列中发生的稀有事件的重要步骤。该问题的一个表述形式被称为 (l,d)-模体搜索或植入模体搜索 (PMS)。在 PMS 中，给定两个整数 l 和 d 以及 n 个生物序列。我们要找出所有长度为 l 的序列，这些序列在每个输入序列中以最多 d 个错配出现。PMS 问题是 NP 完全的。PMS 算法通常在某些被认为具有挑战性的实例上进行评估。本文提出了一种精确的并行 PMS 算法，称为 PMS8。PMS8 是首个能够解决具有挑战性的 (l,d) 实例 (25,10) 和 (26,11) 的算法。PMS8 在具有较大 l 和 d 的实例（如 (50,21)）上也表现高效。本文还引入了三个 l-mer 拥有共同 d-邻域的必要和充分条件。
引用
@article{arxiv.1307.0571,
title = {Efficient Sequential and Parallel Algorithms for Planted Motif Search},
author = {Marius Nicolae and Sanguthevar Rajasekaran},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.0571},
year = {2013}
}