基于 CUDA 的简易混合并行化对数值原子轨道密度泛函理论计算的影响
分布式、并行与集群计算
2014-07-23 v1
摘要
我们修改了一个支持 MPI 的密度泛函理论 (DFT) 源代码，使其包含包括 CUDA 在内的混合并行化。我们的目标是探究在中等性能 GPU 上进行简单的混合并行化转换，如何影响原本不适配 CUDA 的 DFT 代码。我们为数值原子轨道 (NAO) DFT 代码确立了若干混合并行化规则。测试在磁铁矿材料系统上进行，使用 OpenMX 代码，硬件系统包含 2 颗 Xeon E5606 CPU 和 2 块 Quadro 4000 GPU。三路混合例程获得了 7.55 倍的加速比，而二路混合加速比为 10.94。配备 CUDA 的 GPU 补充了 OpenMP 的效率，并补偿了 CPU 在 MPI 中的过度竞争。
引用
@article{arxiv.1402.4247,
title = {Effects of Easy Hybrid Parallelization with CUDA for Numerical-Atomic-Orbital Density Functional Theory Calculation},
author = {Jae-Hyeon Parq and Erik Sevre and Sang-Mook Lee},
journal= {arXiv preprint arXiv:1402.4247},
year = {2014}
}
备注
20 pages, 3 figures