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Penna 模型中不同遗传家族的发散演化路径

种群与进化 2009-11-11 v1

摘要

我们给出了使用标准无性 Penna 模型进行种群增长与演化模拟的一些结果,个体由代表包含某些可能突变的基因组的比特串刻画。约 20000 个模拟步后,当模拟初期丰富多样的家族中仅少数遗传家族尚存时,观察到突变分布函数中的强峰。这一已知效应源于具有遗传机制的演化规则。模拟中出生与死亡的平衡也导致由不同基因组指定的家族被消除。家族数 G(t)G(t) 对时间 tt 遵循幂律 GtnG \propto t^n。我们的结果显示幂系数指数 nn 随时间变化。从约 -1 开始,在数百步后平滑达到约 -2,最终在环境中仅存一个家族时半平滑地过渡到 0。这与例如 \cite{bib:evolution} 中发现的恒定 nn 约 -1 形成对比。我们怀疑此差异可能源于模拟中的两个不同时间尺度——初始阶段遵循 n1n\approx-1 律,而对大量模拟步我们得到 n2n\approx-2,前提是随机初始种群足够大以允许可靠的统计分析。n1n\approx-1 演化阶段似乎与由于有限环境容纳量导致的 Verhulst 种群消除机制相关——当标准演化规则被修改后,我们在短时间尺度观察到幂律中的平台(n=0n=0),随后长时间尺度再次遵循 n2n\approx -2 律。修正模型使用由当前种群控制的出生率代替标准 Verhulst 死亡因子。

关键词

引用

@article{arxiv.q-bio/0511031,
  title  = {Divergent evolution paths of different genetic families in the Penna model},
  author = {Mikolaj Sitarz and Andrzej Z. Maksymowicz},
  journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0511031},
  year   = {2009}
}