具有确定性和随机性热浴的分子动力学模拟中的离散化误差
计算物理
2014-12-23 v1 数值分析
摘要
我们研究了数值离散化误差对在 300 K 下耦合了不同确定性（Nos\'e-Hoover 和 Nos\'e-Poincar\'e）及随机性（Langevin）热浴的 TIP4P 液态水分子动力学模拟中计算平均值的影响。我们提出了一些简单实用的方法来估算此类误差，并在计算平均值时予以考虑。我们表明，使用高达积分器稳定性阈值 70% 的步长，仍可获得各种系统量的精确测量值；对于 300 K 下的 TIP4P 液态水系统，这对应于约 7 fs 的步长。
引用
@article{arxiv.1412.7067,
title = {Discretization errors in molecular dynamics simulations with deterministic and stochastic thermostats},
author = {Ruslan L. Davidchack},
journal= {arXiv preprint arXiv:1412.7067},
year = {2014}
}
备注
This is an updated version of the article published in [J. Comput. Phys. 229 (2010) 9323-9346], which corrects the error where results for the inverse Debye relaxation time were mis-labeled as 'Debye relaxation time', as well as other minor corrections. (25 pages, 11 figures, 11 tables)