MicrobEx 的开发与验证：一个用于微生物培养概念抽取的开放源代码包
定量方法
2021-11-24 v1
摘要
微生物培养报告包含重要的临床与公共卫生应用的关键信息。然而，微生物报告常具有复杂的、半结构化的自由文本数据，这对二次利用构成了障碍。在此我们呈现一个开放源代码包的开发与验证，该包旨在摄取自由文本微生物报告，判定培养是否为阳性，并返回一列 SNOMED-CT 映射的细菌。我们基于规则的自然语言处理算法使用来自某大型医疗组织中两个不同电子健康记录系统的微生物报告开发，随后以人工抽取结果作为基准在两个其他机构的报告上进行了外部验证。我们的算法在两个验证集上的所有分类任务均取得了 >0.95 的 F-1 分数。我们的概念抽取 Python 包 MicrobEx 旨在作为其他临床应用（如机器学习研究、临床决策支持与疾病监测系统）的上游过程被复用并适配至各机构。
引用
@article{arxiv.2111.11518,
title = {Development and Validation of MicrobEx: an Open-Source Package for Microbiology Culture Concept Extraction},
author = {Garrett Eickelberg and Yuan Luo and L. Nelson Sanchez-Pinto},
journal= {arXiv preprint arXiv:2111.11518},
year = {2021}
}
备注
12 pages, 2 figures, 2 tables