蛋白质分类问题的一个古老原理与优雅解法的探测

本研究致力于开发一种有坚实基础、理论合理且最简化的度量，用于参照酶对蛋白质进行分类。作为酶家族的标志，催化结构域易于进行指纹识别。鉴于分类问题迄今为止似乎难以解决，源自催化结构域的分类方案将令人满意。本文表明，存在一种自然但非显而易见的从头算基础，可据此推测酶的催化结构域对其调控具有独特的信息量，从而注释其功能。基于此假设，描述了一种能将钾离子通道正确分类为其各自亚族的方法。为使该原理更加稳固，通过共进化分析寻求并获得了额外验证。共进化分析揭示了偏离钾离子通道蛋白具有功能模块化这一观念的结果。结合现行的结构域观念讨论了这一发现。这些研究确立了一个事实：基因的催化结构域与其联合结构域之间的显著共进化是进化过程中融合和交换事件之后的一种专门且必要的过程。此类发现可能在蛋白质科学中普遍存在。