哺乳动物线粒体编码祖先蛋白的计算重建
基因组学
2015-04-16 v1
摘要
提出一种基于将符号序列映射为一组模式（由序列解析产生的字符串）的方法，作为重建祖先序列的工具。模式的并集包含了现存物种相关蛋白序列家族中出现的全部模式。筛选蛋白序列中最频繁出现的模式集合并连接起来。所得的氨基酸序列被认为是该家族的祖先蛋白。无需进行序列比对和物种家族的系统发育树构建。该方法用于推断哺乳动物物种的十三个线粒体编码蛋白家族的祖先氨基酸序列。现存与祖先序列之间相似性的统计分布显示出与过去环境变化相关的某些结构。
引用
@article{arxiv.1504.03845,
title = {Computational reconstruction of mitochondria-encoded mammal ancestral proteins},
author = {Bohdan Kozarzewski},
journal= {arXiv preprint arXiv:1504.03845},
year = {2015}
}