刻画驱动蛋白连接子的弹性性质及其对点突变的敏感性
生物大分子
2018-09-19 v1 生物物理
摘要
我们分析了模拟驱动蛋白马达颈连接子单分子拉伸实验的模拟试验中的自由能估计量。为此，我们执行了导向分子动力学（SMD）计算的一种版本。对样本轨迹进行分析以推导作用于系统的功的分布。为诱导连接子解折叠，我们以恒定拉力拉伸分子并使其结构随后弛豫。利用适用于受热涨落的非平衡系统的涨落关系（FR），我们可评估拉伸与弛豫构象间的自由能差。为进一步理解潜在突变对连接子弹性性质的影响，我们对由聚丙氨酸序列（仅 Ala）形成的结构以及另外三种通过将连接子序列中选定类型氨基酸残基替换为丙氨酸（Ala）的结构进行了类似的计算机研究。SMD 模拟结果表明，天冬酰胺（Asn）与赖氨酸（Lys）残基在控制马达连接子域的拉伸与弛豫性质中起着关键作用。
引用
@article{arxiv.1809.06731,
title = {Delineating elastic properties of kinesin linker and their sensitivity to point mutations},
author = {Michał Świątek and Ewa Gudowska-Nowak},
journal= {arXiv preprint arXiv:1809.06731},
year = {2018}
}