数据驱动的电荷转移图谱为任意蛋白质复合物的电子结构性质提供拓扑视角
化学物理
2019-04-05 v2 软凝聚态物质
摘要
由于生物分子高度复杂的化学结构，对蛋白质组学的电子信息的广泛理解可能颇具挑战。在此，我们构建了一个残基水平的电荷转移数据库，该数据库源自 20×20 种可能的氨基酸侧链组合之间的数百万次电子结构计算，这些计算提取自数千个蛋白质复合物的可用高质量结构。随后，提出数据驱动网络（D2Net）分析以快速识别任意可能蛋白质复合物的关键残基或残基组。作为初步评估，我们将该模型应用于审视两种随机选定蛋白质的电荷转移网络，其突出了具有大节点度、作为网络枢纽的最关键残基。该工作可为我们提供一种有前景的计算方案，以拓扑方式理解日益增长的高质量实验蛋白质结构中的电子结构信息，且计算成本极低。
引用
@article{arxiv.1802.05192,
title = {Data Driven Charge Transfer Atlas Provides Topological View of Electronic Structure Properties for Arbitrary Proteins Complexes},
author = {Fang Liu and Hongwei Wang and Dongju Zhang and Likai Du},
journal= {arXiv preprint arXiv:1802.05192},
year = {2019}
}
备注
36 pages, 9 figures