Daisy：一个集成的重复蛋白质修饰服务
软件工程
2024-07-11 v1 数据库
摘要
蛋白质中重复序列的识别、分类和修饰是一个复杂的过程，需要专家手动处理、计算资源和时间。近期在蛋白质结构预测和重复序列分类方面已有相关进展，这些进展对于该过程有益。然而，目前尚无服务涵盖所需的数据库和软件来补充对重复蛋白质的研究。在本文中，我们介绍了Daisy，一个集成的重复蛋白质修饰Web服务。该服务可处理蛋白质数据库(PDB)和AlphaFold数据库中的条目，以进行重复序列识别。此外，它使用一种算法将序列搜索至Pfam隐藏马尔可夫模型(HMM)库中。重复序列的分类通过与RepeatsDB关联所识别的家族。该预测被用于增强ReUPred算法的执行并加快重复单元识别过程。该服务还可操作每个关联的PDB和AlphaFold结构与UniProt蛋白质基因组注册中心。可用性：Daisy Web服务可免费访问于daisy.bioinformatica.org。
引用
@article{arxiv.2407.07817,
title = {Daisy: An integrated repeat protein curation service},
author = {Manuel Bezerra-Brandao and Ronaldo Romario Tunque Cahui and Layla Hirsh},
journal= {arXiv preprint arXiv:2407.07817},
year = {2024}
}
备注
5 pages; 6 figures; 1 table; Marie Sk{\l}odowska-Curie Actions; Repeat protein Function, Refinement, Annotation and Classification of Topologies, REFRACT 823886; 12 months embargo period