将阿尔茨海默病图谱转化为重量级本体：用于数据整合的形式化网络
定量方法
2018-07-30 v1
摘要
阿尔茨海默病（AD）的病理生理机制至今仍未完全阐明，当前的研究范式也未能带来治愈性成果。组学技术为增进我们的理解和产生新假说提供了巨大前景。然而，此类数据的整合与解读面临重大挑战，亟需恰当的知识模型。AlzPathway 是一个疾病图谱，对 AD 病理生理机制进行了详尽而广泛的刻画。但 AlzPathway 缺乏形式化，可能导致歧义与误读。本体通过其公理化定义与逻辑推理特性，是克服这一局限的恰当框架。我们提出了 AD 图谱本体（ADMO），一种基于系统生物学术语的上层本体模型。随后，我们提议将 AlzPathway 转化为本体并整合进 ADMO。我们证明，这能够处理与冗余、命名、一致性、过程分类及通路关系相关的问题。此外，它也为利用其他资源中的元素扩展该模型提供了可能，例如来自 Reactome 的通用通路或包含在 ADO（AD 本体）中的临床特征。该本体的一个版本将在会议期间于 Bioportal 上免费向学界开放。
引用
@article{arxiv.1807.10509,
title = {Converting Alzheimer s disease map into a heavyweight ontology: a formal network to integrate data},
author = {Vincent Henry and Ivan Moszer and Olivier Dameron and Marie-Claude Potier and Martin Hofmann-Apitius and Olivier Colliot},
journal= {arXiv preprint arXiv:1807.10509},
year = {2018}
}
备注
conference