粗粒化模型中结构化与无序蛋白质的基于接触分子动力学:固定接触、可切换接触与伪非正常二面角描述的接触
软凝聚态物质
2024-04-09 v1
摘要
我们提出了一种粗粒化的C蛋白质模型,可用于模拟结构化、内在无序和部分无序的蛋白质。我们对结构化部分使用Go-like势,对无序部分使用两种不同变体的可转移势。第一种变体使用动态基于结构的(DSB)接触,这些接触在模拟过程中准绝热地形成和消失。通过使用特定的结构标准,我们区分了侧链-侧链、侧链-主链和主链-主链接触。第二种变体是非径向多体伪非正常二面角(PID)势,它不包含时间依赖项,但需要更多的计算资源。我们的模型可以在合理的时间内模拟数千个残基达毫秒时间尺度。
引用
@article{arxiv.2404.04431,
title = {Contact-based molecular dynamics of structured and disordered proteins in a coarse-grained model: fixed contacts, switchable contacts and those described by pseudo-improper-dihedral angles},
author = {Łukasz Mioduszewski and Jakub Bednarz and Mateusz Chwastyk and Marek Cieplak},
journal= {arXiv preprint arXiv:2404.04431},
year = {2024}
}