鸟类非编码 RNA 位点的保守性与丢失
基因组学
2014-06-30 v1
摘要
在此，我们展示了针对 48 个鸟类基因组中非编码 RNA 位点的大规模生物信息学注释结果。我们的方法利用来自 Rfam 数据库的手工策划家族的概率模型，推断每个鸟类基因组内的保守 RNA 家族。我们使用 tRNA 注释工具 tRNAscan-SE 的预测以及来自 miRBase 的 microRNAs 对这些注释进行了补充。我们表明，许多与 lncRNA 相关的位点在鸟类和哺乳动物之间是保守的，其中包括几个引人注目的案例，即报道的哺乳动物 lncRNA 功能在鸟类中并不保守。我们还证明了经典 ncRNAs（如 tRNAs）和最近发现的 ncRNAs（如 snoRNAs 和 miRNAs）在鸟类中具有广泛的保守性。此外，我们描述了几个 RNA 家族的众多“丢失”现象，并将其归因于真实的丢失、分歧或缺失数据。特别是，我们表明许多此类丢失是由于组装鸟类微染色体相关的挑战所致。这些综合结果说明了应用基于同源性的方法注释新型脊椎动物基因组的效用。
引用
@article{arxiv.1406.7140,
title = {Conservation and losses of avian non-coding RNA loci},
author = {Paul P. Gardner and Mario Fasold and Sarah W. Burge and Maria Ninova and Jana Hertel and Stephanie Kehr and Tammy E. Steeves and Sam Griffiths-Jones and Peter F. Stadler},
journal= {arXiv preprint arXiv:1406.7140},
year = {2014}
}
备注
17 pages, 1 figure