布尔网络极大与极小陷阱空间的计算
动力系统
2015-09-30 v1
摘要
在分析表示生物系统（如信号转导或基因调控网络）的布尔网络时，渐近行为往往特别受关注。基于稳态概念推广（即所谓的陷阱空间）的方法，可用于研究吸引子性质以及模型简化技术。本文提出一种新颖的基于优化的方法，用于计算所有极小和极大陷阱空间，并阐述其用途。特别地，我们增加了一个新结果，给出了循环吸引子数量的下界，并通过一个 MAPK 通路模型的研究来说明这些方法。为测试该方法的效率和可扩展性，我们在随机网络基准测试中比较了 ILP 求解器 gurobi 与 ASP 求解器 potassco 的性能。
引用
@article{arxiv.1509.07731,
title = {Computing Maximal and Minimal Trap Spaces of Boolean Networks},
author = {Hannes Klarner and Alexander Bockmayr and Heike Siebert},
journal= {arXiv preprint arXiv:1509.07731},
year = {2015}
}