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期望编辑距离的可计算界与蒙特卡洛估计

形式语言与自动机理论 2024-04-09 v2 数据结构与算法 概率论

摘要

编辑距离是字符串间相异性的度量,广泛应用于计算生物学、语音识别和机器学习。令 e_k(n) 表示来自大小为 k 的字母表的 n 个字符的随机独立字符串之间的平均编辑距离。对于 k ≥ 2,如何高效计算 α_k(n) = e_k(n)/n 以及 α_k = lim_{n → ∞} α_k(n)(已知存在的极限)的精确值是一个开放问题。本文证明 α_k(n)-Q(n) ≤ α_k ≤ α_k(n),其中特定 Q(n)=Θ(√(log n / n)),该结果意味着 α_k 是可计算的。探讨了 α_k(n) 的精确计算,得到一种运行时间 T=𝒪(n^2 k min(3^n, k^n)) 的算法,该复杂度使其实际用途有限。基于 McDiarmid 不等式提出了统计估计分析,展示了如何以良好精度、高置信水平和合理计算时间评估 α_k(n),对于 n 值例如可达二十五万。相应地,获得了 α_k 宽度约为 10^{-2} 的 99.9% 置信区间。利用编辑脚本的组合论证解析刻画了 α_k 的一个可高效计算下界 β_k^*,使得 lim_{k → ∞} β_k^*=1。一般地,β_k^* ≤ α_k ≤ 1-1/k;对于大于几十的 k,计算 β_k^* 远快于生成宽度为 1-1/k-β_k^* 的良好统计估计。本文发展的技术改进了大多数先前发表的数值结果,并给出了先前未报道的字母表大小和字符串长度的结果。

关键词

引用

@article{arxiv.2211.07644,
  title  = {Computable Bounds and Monte Carlo Estimates of the Expected Edit Distance},
  author = {Gianfranco Bilardi and Michele Schimd},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2211.07644},
  year   = {2024}
}

备注

42 pages, 1 figure, 9 tables, submitted for review