通过面向材料科学中分子动力学模拟的 Science Gateway Portal 进行复杂工作流管理与分布式计算资源集成
计算工程、金融与科学
2014-04-23 v1 材料科学
分布式、并行与集群计算
摘要
本文介绍了用于复杂工作流管理和集成分布式计算资源（如集群、服务网格、桌面网格、云）的“IMP Science Gateway Portal”（http://scigate.imp.kiev.ua）。它基于 WS-PGRADE 和 gUSE 技术创建，其中 WS-PGRADE 专为科学工作流操作而设计，而 gUSE 用于在各种异构分布式计算基础设施（DCI）中平滑集成用于并行和分布式计算的可用资源。本文探讨了典型科学工作流及其准备和使用的可能场景。考虑了几种典型的科学应用（科学工作流），用于对各种纳米结构复杂行为进行分子动力学（MD）模拟（石墨烯层的纳米压痕、金属纳米晶体中的缺陷系统弛豫、氮化硼纳米管的热稳定性等）。在可用异构 DCI 下材料科学、物理学和纳米技术中 MD 模拟的实际应用背景下，简要分析了该解决方案的优缺点。
引用
@article{arxiv.1404.5458,
title = {Complex Workflow Management and Integration of Distributed Computing Resources by Science Gateway Portal for Molecular Dynamics Simulations in Materials Science},
author = {Yuri Gordienko and Lev Bekenov and Olexandr Gatsenko and Elena Zasimchuk and Valentin Tatarenko},
journal= {arXiv preprint arXiv:1404.5458},
year = {2014}
}
备注
8 pages, 8 figures; Proc. of Third International Conference "High Performance Computing" HPC-UA 2013 (Ukraine, Kyiv, October 7-11, 2013) (http://hpc-ua.org/hpc-ua-13/proceedings). ISBN 978-966-7690-16-8 (2013)