CHSalign：基于 Junction-Explorer 和 RNAJAG 构建的用于具有同轴螺旋堆叠的 RNA 二级结构成对比对的 Web 服务器
计算工程、金融与科学
2016-09-08 v1 生物大分子
摘要
RNA 连接处是 RNA 分子的重要结构元件。当三个或更多螺旋在三维空间中聚集在一起时，它们就形成了连接处。最近的研究集中在连接处内部同轴螺旋堆叠 (CHS) 基序的注释和预测上。在这里，我们利用此类预测开发了一种高效的比对工具，以处理具有 CHS 基序的 RNA 二级结构。具体而言，我们基于用于预测同轴堆叠的 Junction-Explorer 软件和用于将连接处拓扑结构建模为树图的 RNAJAG，将约束树匹配和动态规划算法整合到一个名为 CHSalign 的新方法中，用于比对包含 CHS 基序的 RNA 分子的二级结构。因此，CHSalign 旨在成为用于包含相似连接处的 RNA 的高效比对工具。基于数千次比对的实验结果表明，CHSalign 比其他 RNA 二级结构比对工具能更准确地比对包含 CHS 基序的两个 RNA 二级结构。当比对具有相似 CHS 基序或螺旋排列模式的两个 RNA 二级结构时，CHSalign 给出高分，否则给出低分。这种新方法已在一个 Web 服务器中实现，程序也可在 http://bioinformatics.njit.edu/CHSalign/ 免费获取。
关键词
引用
@article{arxiv.1609.01987,
title = {CHSalign: A Web Server That Builds upon Junction-Explorer and RNAJAG for Pairwise Alignment of RNA Secondary Structures with Coaxial Helical Stacking},
author = {Lei Hua and Yang Song and Namhee Kim and Christian Laing and Jason T. L. Wang and Tamar Schlick},
journal= {arXiv preprint arXiv:1609.01987},
year = {2016}
}
备注
45 pages, 5 figures