ChemicalX：用于药物对评分的深度学习库

在本文中，我们介绍了ChemicalX，一个基于PyTorch的深度学习库，旨在提供一系列最先进的模型来解决药物对评分任务。该库的主要目标是在一个简化的框架中，使机器学习研究人员和从业者能够轻松使用深度药物对评分模型。ChemicalX的设计复用了PyTorch生态系统中现有的高级模型训练工具、几何深度学习层和深度化学层。我们的系统为终端用户提供了神经网络层、自定义对评分架构、数据加载器和批量迭代器。我们通过示例代码片段和案例研究展示了这些特性，以突出ChemicalX的特点。在真实世界的药物-药物相互作用、多重用药副作用和组合协同作用预测任务上进行的一系列实验表明，ChemicalX中可用的模型能有效解决对评分任务。最后，我们展示了ChemicalX可用于在商用硬件上对包含数十万种化合物的大型药物对数据集进行机器学习模型的训练和评分。