利用拓扑数据分析表征病原菌中基因重组和抗生素耐药性的尺度
种群与进化
2014-06-06 v1 基因组学
摘要
病原菌对人类健康造成巨大疾病负担。对这些病原体的控制受到猖獗的横向基因转移的阻碍，病原菌株可能通过这种转移获得对常见抗生素的耐药基因。本文引入拓扑数据分析工具来表征细菌中横向基因转移的频率和尺度，重点关注一组具有重大公共卫生意义的病原体。作为案例研究，我们考察了金黄色葡萄球菌中抗生素耐药性的传播。最后，我们考虑了人类微生物组作为抗生素耐药基因库的可能作用。
引用
@article{arxiv.1406.1219,
title = {Characterizing Scales of Genetic Recombination and Antibiotic Resistance in Pathogenic Bacteria Using Topological Data Analysis},
author = {Kevin J. Emmett and Raul Rabadan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1406.1219},
year = {2014}
}
备注
12 pages, 6 figures. To appear in AMT 2014 Special Session on Advanced Methods of Interactive Data Mining for Personalized Medicine