在 All of Us 研究计划中表征真菌感染
定量方法
2025-12-29 v1
摘要
真菌感染，如球孢子菌病、曲霉病和组织胞浆菌病，在美国日益成为公共卫生关注的焦点。这些真菌病发病率的上升与气候变化、人口结构变化和健康的社会决定因素有关。然而，这些感染的实际负担往往被传统监测方法所低估。因此，本研究旨在表征 All of Us 研究计划中的这些感染，并评估与真菌感染相关的临床和健康数据的质量。我们利用电子健康记录数据，在超过 400,000 名参与者中构建了球孢子菌病（n=1,173）、曲霉病（n=687）和组织胞浆菌病（n=345）三个真菌队列。我们分析了地理和社会人口分布，并对十个关键实验室生物标志物进行了数据质量评估，以评估诊断后 90 天窗口内的数据完整性、单位一致性和测量一致性。我们的分析证实了已知的流行病学模式，包括球孢子菌病在西南部和组织胞浆菌病在中西部的地理分布。真菌感染对老年人、男性和白人非西班牙裔个体的影响尤为严重。数据质量评估显示，一般血液学标志物（如 Hemoglobin > 70%）的完整性较高，但生物标志物（如 Beta 1,3 Glucan < 15%）的可用性有限。虽然测量一致性较强（如血红蛋白-血细胞比容相关性，r = 0.94），但关键炎症标志物（如红细胞沉降率）的单位一致性较差。总之，All of Us 数据集是表征真菌感染的宝贵资源。然而，必须解决与专业生物标志物的完整性和一致性相关的重大数据质量问题，以增强其在稳健临床研究中的适用性。
引用
@article{arxiv.2512.21952,
title = {Characterizing Fungal Infections in the All of Us Research Program},
author = {Md Fantacher Islam and Emeral Norzagaray and Corneliu Antonescu and Vignesh Subbian},
journal= {arXiv preprint arXiv:2512.21952},
year = {2025}
}