键中心分子指纹导数:BBBP数据集研究
机器学习
2025-10-07 v1 人工智能
摘要
键中心指纹(BCFP)是Extended-Connectivity指纹(ECFP)的一种以键为中心的补充方案。我们引入一种静态BCFP,其镜像是由定向消息传递图神经网络如ChemProp所使用的键卷积方式,并使用快速随机森林模型在大脑-血脑屏障渗透(BBBP)分类任务中进行评估。在分层交叉验证中,将BCFP与ECFP拼接可持续提高AUROC和AUPRC,而单独使用任一描述符都无法实现这一点,Turkey HSD多重比较分析已确认这一点。在不同半径下,r=1的性能最佳;r=2并未在相同测试下实现统计可分辨的提升。我们进一步提出BCFP-Sort&Slice,这是一种简单而有效的特征组合方案,既保留了ECFP计数向量所固有的离词(OOV)计数信息,又实现了BCFP变体的紧凑无哈希拼接。我们还使用此类复合新特征(键特征和原子特征)在BBBP评估中超越了MGTP的预测性能。这些结果表明,轻量级的、以键为中心的描述符可以补充基于原子的圆形指纹,为BBBP预测提供强大且快速的基线。
引用
@article{arxiv.2510.04837,
title = {Bond-Centered Molecular Fingerprint Derivatives: A BBBP Dataset Study},
author = {Guillaume Godin},
journal= {arXiv preprint arXiv:2510.04837},
year = {2025}
}
备注
14 pages, 10 figures, 1 table