BioThings Explorer:一个用于生物医学API联邦知识图的查询引擎
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2023-04-20 v1 定量方法
摘要
知识图正成为一种日益常见的用于表示生物医学信息的数据结构。这些知识图可轻松表示异构类型的信息,且存在许多用于查询与分析图的算法与工具。生物医学知识图已用于多种应用,包括药物重定位、药物靶点识别、药物副作用预测与临床决策支持。通常,知识图通过多源异构数据的集中化与集成来构建。在此,我们描述BioThings Explorer,这是一个可查询由生物医学网络服务聚合信息衍生的虚拟联邦知识图的应用。BioThings Explorer利用对每个资源的输入与输出的语义精确标注,并自动化串联网络服务调用以执行多步图查询。由于无需维护大型集中式知识图,BioThings Explorer作为轻量级应用分发,在查询时动态检索信息。更多信息请见 https://explorer.biothings.io,代码见 https://github.com/biothings/biothings_explorer。
引用
@article{arxiv.2304.09344,
title = {BioThings Explorer: a query engine for a federated knowledge graph of biomedical APIs},
author = {Jackson Callaghan and Colleen H. Xu and Jiwen Xin and Marco Alvarado Cano and Anders Riutta and Eric Zhou and Rohan Juneja and Yao Yao and Madhumita Narayan and Kristina Hanspers and Ayushi Agrawal and Alexander R. Pico and Chunlei Wu and Andrew I. Su},
journal= {arXiv preprint arXiv:2304.09344},
year = {2023}
}