部分自交种群自交率与位点特异性突变率的贝叶斯联合估计
种群与进化
2015-06-10 v3
摘要
我们提出了一种贝叶斯方法，用于表征通过自花授粉和随机异交混合繁殖的种群的交配系统。我们的方法利用整个基因组的遗传变异模式作为推断纯雌雄同体、雄雌同体和雌雄同体的基础。我们扩展了标准溯祖模型以适应这些交配系统，明确考虑了多位点身份不平衡、近交衰退以及交配类型间的生育力差异。我们在无限等位基因突变模型下结合 Ewens 抽样公式 (ESF)，获得了交配系统参数似然性的新表达式。我们的马尔可夫链蒙特卡洛 (MCMC) 算法分配位点特异性突变率，这些突变率取自一个共同的突变率分布，该分布本身是使用狄利克雷过程先验 (DPP) 模型从数据中估计出来的。联合推断的参数包括全种群自花授粉率、位点特异性突变率，以及每个采样个体自最近一次异交事件以来的世代数。
引用
@article{arxiv.1501.05701,
title = {Bayesian co-estimation of selfing rate and locus-specific mutation rates for a partially selfing population},
author = {Benjamin D. Redelings and Seiji Kumagai and Liuyang Wang and Andrey Tatarenkov and Ann K. Sakai and Stephen G. Weller and Theresa M. Culley and John C. Avise and Marcy K. Uyenoyama},
journal= {arXiv preprint arXiv:1501.05701},
year = {2015}
}