基因组规模代谢模型生成的自动化
分子网络
2026-02-06 v1
摘要
背景：如今，基因组规模代谢模型的重建是一个非自动化的、基于决策的交互过程。这个漫长的过程通常需要一个人一整年的工作才能满意地收集、分析和验证特定生物体中所有代谢反应的列表。为了编写这个列表，人们必须手动查阅大量的基因组、代谢组和生理学信息。目前，没有最优算法可以自动处理所有这些信息并生成模型，同时考虑生物学家会考虑的唯一性和完整性的概率标准。结果：本文提出了一种自动化方法，用于重建任何生物的基因组规模代谢模型。所遵循的方法是手动重建光合生物集胞藻 PCC6803 基因组规模代谢模型步骤的自动化版本。重建步骤在一个计算平台 (COPABI) 上实现，该平台利用已开发的概率算法生成模型。结论：为了验证所开发算法的鲁棒性，将平台生成的几个生物的代谢模型与已发表的手动整理的模型一起研究。比较和分析了模型的网络属性，如连通性和平均最短路径。
引用
@article{arxiv.1206.0616,
title = {Automation on the generation of genome scale metabolic models},
author = {R. Reyes and D. Gamermann and A. Montagud and D. Fuente and J. Triana and J. F. Urchuegía and P. Fernández de Córdoba},
journal= {arXiv preprint arXiv:1206.0616},
year = {2026}
}
备注
24 pages, 2 figures, 2 tables