基于 FSSP 分数对 SCOP 和 CATH 蛋白质结构分类的自动分配
软凝聚态物质
2007-05-23 v2 q-bio
摘要
我们present了一种自动将 CATH 和 SCOP 分类分配给可获取 FSSP 分数的蛋白质的方法。CATH 分类分配至拓扑层级，SCOP 分类分配至折叠层级。由于 FSSP 数据库每周更新，该方法使 CATH 和 SCOP 也能同步更新。当消除歧义情况后，我们的预测几乎完美地成功。这些歧义情况是任何依赖结构信息alone的蛋白质结构分类中固有的，因而我们引入“结构分类的黄金时代”的概念。我们进一步建议，为了解决这些歧义情况，必须基于序列和功能信息的其他分类标准也必须使用。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0102280,
title = {Automated assignment of SCOP and CATH protein structure classification from FSSP scores},
author = {Gad Getz and Michele Vendruscolo and David Sachs and Eytan Domany},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0102280},
year = {2007}
}
备注
20 pages, 5 figures, 4 tables, revised version, to appear in Proteins