AuraGenome：基于大语言模型的即时生成、可复用且可扩展的圆形基因组可视化框架
基因组学
2025-07-08 v1 人工智能
图形学
人机交互
摘要
圆形基因组可视化对于探索结构变异和基因调控至关重要。然而，现有工具常需复杂的脚本和手动配置，导致耗时、易出错且难以学习。为此，我们介绍 AuraGenome——一个基于大语言模型的框架，实现多层次圆形基因组可视化的快速生成、可复用性和可扩展性。AuraGenome 将语义驱动的多智能体工作流程与交互式可视化分析系统相结合。该工作流程采用七个专门的大语言模型驱动的智能体，分别承担意图识别、布局规划和代码生成等不同角色，将原始基因组数据转化为量身定制的可视化结果。该系统支持多个协调视图，专为基因组数据设计，提供环形、径向和弦形布局，以表示多层次圆形基因组可视化。除实现交互和配置复用外，系统支持实时细化和高质量报告导出。我们通过两个案例研究和一次综合用户研究验证了其有效性。AuraGenome 项目地址：https://github.com/Darius18/AuraGenome。
引用
@article{arxiv.2507.02877,
title = {AuraGenome: An LLM-Powered Framework for On-the-Fly Reusable and Scalable Circular Genome Visualizations},
author = {Chi Zhang and Yu Dong and Yang Wang and Yuetong Han and Guihua Shan and Bixia Tang},
journal= {arXiv preprint arXiv:2507.02877},
year = {2025}
}