非靶向分析中的可重复性审计：103 项 LC/GC-HRMS 工具揭示开放性与可操作性之间的时间差异
计算工程、金融与科学
2025-12-24 v1 软件工程
摘要
2008 年，奶制品中的乙酰氨基水杨酸（melamine）迫使三个大陆的实验室验证一项他们从未监控的化合物。非靶向分析通过 LC/GC-HRMS 能够处理此类情况。但当发现结果触发监管行动时，可重复性便具有操作意义：独立实验室能否重复该分析并得出相同结论？我们对 103 项工具（覆盖 2004-2025 年）进行评估，这些工具依据 FAIR 原则和 BP4NTA 原则中的六个支柱进行分类：实验室验证 (C1)、数据可用性 (C2)、代码可用性 (C3)、标准化格式 (C4)、知识集成 (C5)、可便携实现 (C6)。健康领域贡献 51 项工具，制药 31 项，化学 21 项。九成工具共享数据 (C2，103/103，87%)。不到四分之三的工具支持可便携实现 (C6，40/103，39%)。验证与便携性很少同时出现 (C1+C6，18/103，17%)。过去 21 年间，开放性从 56% 上升至 86%，而可操作性则从 55% 下降至 43%。没有工具涉及食品安全。期刊数据共享政策增加了作者分享的内容，但并未提升审稿人可运行的内容。工具变得更容易查找，但更难以执行。加强 C1、C4 和 C6 将使记录下的制品转化为外部实验室可重放的工作流程。
关键词
引用
@article{arxiv.2512.20279,
title = {Auditing Reproducibility in Non-Targeted Analysis: 103 LC/GC--HRMS Tools Reveal Temporal Divergence Between Openness and Operability},
author = {Sarah Alsubaie and Sakhaa Alsaedi and Xin Gao},
journal= {arXiv preprint arXiv:2512.20279},
year = {2025}
}
备注
26 pages, 6 figures, submitted to Journal of Cheminformatics