分子动力学中的缔合键交换
软凝聚态物质
2022-04-20 v4 无序系统与神经网络
材料科学
摘要
我们实现了一个三体势来模拟缔合键交换，并作为HOOMD-blue软件的一部分发布。使用三体势模拟交换已被证明是有效的，且最近为理解自适应网络材料(如vitrimer)的力学与动力学提供了有用见解。它是优雅的，因为可用于普通分子动力学模拟而无需改变拓扑的Monte Carlo步骤，并自然地代表了典型物理特征如滑移键行为。它易于调节，仅需一个参数即可控制平均交换速率。在此，我们展示了缔合键交换如何通过避免对应于长寿命亚稳态构型的陷阱与缺陷，来加速自组装系统的平衡。我们的结果展示了这些交换的可能性，不仅可用于建模天然缔合的系统，还可用于提高HOOMD-blue中可建模其他系统的模拟效率。
引用
@article{arxiv.1912.08569,
title = {Associative bond swaps in molecular dynamics},
author = {Simone Ciarella and Wouter G. Ellenbroek},
journal= {arXiv preprint arXiv:1912.08569},
year = {2022}
}