无论分箱策略如何，来自人类肠道微生物组的 ARISA 数据均可检测出 454 测序所观察到的个体差异
基因组学
2012-07-31 v1 种群与进化
摘要
ARISA（自动核糖体基因间隔区分析）是一种低成本技术，可快速比较不同的微生物环境。本研究探讨了一组 ARISA 谱能否以与 454 高通量 DNA 测序结果相同的准确度区分不同的人类微生物环境。利用一组其测序结果按受试者聚类的微生物群落，我们测试了 ARISA 数据处理过程中的选择如何影响聚类。我们发现聚类方法的选择具有深远影响，其中 Ward 聚类生成的谱与 454 测序结果最为相似。而分箱大小、使用存在/缺失判定以及技术重复处理等因素对聚类的影响微乎其微。事实上，文献中报道的任何既定分箱方法的表现均不比随机选取分箱区间有显著差异。我们得出结论，在分析来自复杂度足以饱和分箱的生态系统的 ARISA 数据时，谨慎选择聚类算法至关重要，而不同的分箱选择策略可能对分析结果的影响较小。作为区分复杂微生物群落的工具，ARISA 能以极低的成本近似 DNA 测序获得的结果；然而，ARISA 无法完美复现测序结果。
引用
@article{arxiv.1207.7017,
title = {ARISA data from the human gut microbiome can detect individual differences observed by 454 sequencing regardless of binning strategy},
author = {Robert W. Reid and Melanie D. Spencer and Timothy J. Hamp and Anthony A. Fodor},
journal= {arXiv preprint arXiv:1207.7017},
year = {2012}
}
备注
22 pages, 4 figures, 2 tables