VAE 不擅长重建分子图吗？
机器学习
2023-05-05 v1 定量方法
摘要
许多当代分子生成模型都是分子图的变分自编码器。其训练损失中的一项涉及重建输入，然而最先进模型的重建能力尚未在大型且化学多样的数据库上被彻底比较。在本工作中，我们展示当几个最先进生成模型在相同条件下评估时，其重建准确率出奇地低，比先前在看似更困难的数据集上报道的还要差。然而，我们表明改进重建并不直接带来更好的采样或优化性能。MoLeR 模型的失败重建通常与输入相似，以不同方式组装相同基序，并具备相似的化学性质（如溶解性）。最后，我们展示输入分子及其失败重建通常由不同编码器映射到统计可区分的后验分布，暗示后验坍缩或许不能完全解释为何 VAE 不擅长重建分子图。
引用
@article{arxiv.2305.03041,
title = {Are VAEs Bad at Reconstructing Molecular Graphs?},
author = {Hagen Muenkler and Hubert Misztela and Michal Pikusa and Marwin Segler and Nadine Schneider and Krzysztof Maziarz},
journal= {arXiv preprint arXiv:2305.03041},
year = {2023}
}
备注
Published at the ELLIS Workshop on Machine Learning for Molecules (ML4Molecules 2022)